Đối với việc tạm ứng kinh phí khám chữa bệnh BHYT cho cơ sở khám chữa bệnh quy định tại Luật BHYT và một số văn bản hướng dẫn, hàng quý, chậm nhất vào ngày mùng 5 tháng đầu quý, cơ quan BHXH tỉnh và huyện phải tạm ứng kinh phí khám chữa bệnh BHYT cho cơ sở khám chữa bệnh tối thiểu bằng 80% chi phí khám chữa bệnh BHYT thực tế đã được quyết toán của quý trước liền kề. Tuy nhiên hiện nay, nhiều cơ sở khám chữa bệnh phải chờ hàng tháng sau vẫn chưa được cơ quan BHXH tạm ứng số tiền này.

Bộ Y tế cũng chưa ban hành đầy đủ các quy trình chuyên môn kỹ thuật, hướng dẫn chẩn đoán và điều trị chuẩn, dẫn đến các vướng mắc trong quá trình giám định và thanh toán chi phí khám chữa bệnh BHYT. Đặc biệt, việc Bộ Y tế quy định về chứng chỉ hành nghề đang được cho là đang tạo rào cản cho cả khối bệnh viện công và tư. Cụ thể khi một giáo sư, bác sỹ… nghỉ hưu vẫn không thể hành nghề nếu chưa có chứng chỉ hành nghề, cho dù tay nghề của họ đã khẳng định trong quá trình công tác. Một số đối tượng như: kỹ sư vật lý xạ trị, cử nhân tâm lý học lại không được cấp chứng chỉ hành nghề.