Theo khung cơ cấu hệ thống giáo dục quốc dân, bằng 6 năm của trường y tương đương với trình độ thạc sĩ của các ngành khác. Lương khởi điểm của sinh viên y khoa ra trường do đó cũng sẽ tương đương với trình độ thạc sĩ. Sinh viên hoàn thành chương trình 6 năm của trường y sẽ thành bác sĩ y học, có kiến thức y học phổ quát, chưa được hành nghề. Đội ngũ này phải thực tập tiền lâm sàng ở bệnh viện, dưới sự giám sát của các bác sĩ trong 18 tháng và đang tiến tới là 2 năm mới được phép hành nghề trong phạm vi đa khoa. Muốn trở thành bác sĩ chuyên khoa, họ phải học thêm tối thiểu 3 năm nữa.

Lãnh đạo Trường đại học Y dược Thái Bình cũng xác nhận, không có sự thay đổi nào về khung chương trình đào tạo sau khi Chính phủ phê duyệt cơ cấu hệ thống giáo dục quốc dân mới.