Chi phí thuốc Bảo hiểm y tế phần lớn tập trung vào 20 nhóm thuốc chính. Trong đó, chiếm chi phí cao nhất lần lượt là các nhóm thuốc: kháng sinh; ung thư; điều trị tăng huyết áp; vitamin và khoáng chất. Khi so sánh chi phí sử dụng thuốc giữa các năm, nhóm thuốc điều trị ung thư có tỷ lệ tăng trên 60%/năm, nhóm hạ đường huyết tăng trên 30%/năm, nhóm thuốc kháng acid và thuốc chống loét tăng nhiều nhất, lên tới trên 150%.

Trong khi đó, danh mục thuốc bảo hiểm y tế hiện nay là danh mục theo tên hoạt chất, không quy định theo tên biệt dược, không quy định nồng độ, hàm lượng, dạng bào chế cụ thể. Do đó, khó có thể kiểm soát chặt chẽ về chất lượng và giá cả các thuốc thực tế sử dụng tại cơ sở khám chữa bệnh.