Đã hơn 30 lần các hội thảo, hội nghị góp ý xây dựng Thông tư hướng dẫn thí điểm về bác sĩ gia đình và cơ sở khám chữa bệnh y học gia đình được tổ chức, song đến nay mô hình khám bệnh theo hình thức này vẫn chỉ dừng lại ở hình thức thí điểm, việc nhân rộng còn gặp quá nhiều khó khăn.
Trách nhiệm của bác sĩ gia đình là quản lý hồ sơ bệnh án, cung cấp thông tin đầy đủ, chính xác về bệnh cảnh của người bệnh trong suốt cuộc đời. Đây là quá trình lâu dài và không dễ thực hiện đối với cán bộ y tế tuyến cơ sở. Bên cạnh đó, chi trả BHYT được cho là sự ưu việt của mô hình bác sĩ gia đình triển khai tại tuyến y tế cơ sở. T
uy nhiên, rà soát trong quy trình KCB vẫn có rất nhiều công đoạn chưa có trong danh mục thanh toán BHYT như: tư vấn dự phòng, tư vấn tâm lý, quản lý thông tin sức khoẻ toàn diện, đến nhà KCB. Ngoài ra, mạng lưới bác sĩ gia đình hiện nay cũng chưa triển khai được ở phòng khám tư nhân, do ở đây thu từ 100.000 - 200.000 đồng/lần khám bệnh, nhưng BHYT chỉ chi trả có 20.000 đồng nên các cơ sở này chưa mặn mà. Khi triển khai mô hình bác sĩ gia đình trong hệ thống y tế tư nhân, việc cấp chứng chỉ hành nghề đòi hỏi bác sỹ phải có văn bằng chuyên ngành y học gia đình nên nhiều bác sỹ đã được đào tạo chuyên khoa khác không muốn đào tạo lại.