Bệnh tay chân miệng có những trường hợp trẻ không có biểu hiện rõ ràng. Do đó, nhiều phụ huynh không để ý, đến khi trẻ sốt cao mới đưa vào bệnh viện. Một số biến chứng của bệnh rất khó phát hiện sớm. Trẻ có biến chứng não thường không hôn mê sâu mà có những triệu chứng khó nhận thấy như khó ngủ, quấy khóc liên tục, hay giật mình. Trẻ có thể biểu hiện run tay chân, co giật. Triệu chứng khác khi biến chứng là sốt rất cao, nôn nhiều, mạch nhanh, yếu tay chân.

ưKhi trẻ có biến chứng nếu không điều trị đúng và kịp thời có thể dẫn đến tử vong chỉ trong vài giờ đồng hồ.