Một trong những hạn chế lớn về kiểm soát an toàn vệ sinh thực phẩm là các tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật còn thiếu. Trong khi đó việc xử lý một số tồn tại như: chất cấm trong chăn nuôi, tồn dư thuốc bảo vệ thực vật, hóa chất kháng sinh trong rau quả,... còn chậm, chưa dứt điểm, chưa đáp ứng yêu cầu của nhân dân. Kết quả kiểm tra rau quả tươi sống trong 5 năm qua trên cả nước cho thấy, tỷ lệ tồn dư hóa chất vượt ngưỡng cho phép là hơn 8%. Tỷ lệ vi phạm trong sử dụng thuốc bảo vệ thực vật là 18%.

Mặc dù đã được Chính phủ quan tâm nhưng kinh phí đầu tư cho công tác quản lý ATTP còn thấp. Lực lượng cán bộ quản lý ATTP còn thiếu về số lượng và yếu về chuyên môn. Việc thanh tra, kiểm tra, giải quyết khiếu nại về ATTP còn thụ động, xử lý vi phạm chưa kiên quyết, chưa bảo đảm tính răn đe.