Vấn đề an toàn thực phẩm ( ATTP) được Nhà nước giao cho 3 Bộ cùng quản lý là Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, Bộ Công thương và Bộ Y tế. Tuy nhiên, vì không hoàn toàn thuộc về bộ nào nên rất khó quy trách nhiệm khi xảy ra vấn đề về an toàn thực phẩm. Bên cạnh đó, hiện có rất nhiều văn bản quản lý ATTP đã được ban hành có hiệu lực song song tồn tại. Văn bản chỉ đạo nhiều, chồng chéo đã phát sinh khó khăn, bất cập cho công tác thanh kiểm tra về ATTP, gây trở ngại cho cả người thực hiện nhiệm vụ kiểm tra.

Một vấn đề nữa là việc kiểm tra ATVSTP ở tuyến xã, phường, thị trấn gặp nhiều khó khăn do thiếu thiết bị và nhân lực. Cán bộ phụ trách ATVSTP ở các tuyến này cơ bản không được đào tạo sâu về chuyên môn, nghiệp vụ, chủ yếu thông qua các lớp bồi dưỡng, tập huấn. Cùng với đó thì nhận thức của phần đông người dân chưa cao, vẫn dễ dàng chấp nhận việc sử dụng thực phẩm trôi nổi, không hợp vệ sinh.