Hiện tình trạng ô nhiễm thực phẩm ở Việt Nam còn tương đối phổ biến trong sản xuất nông nghiệp và chăn nuôi. Việc sử dụng thuốc bảo vệ thực vật và các loại kháng sinh tràn lan trên diện rộng đã làm tăng nguy cơ để lại tồn dư trong thực phẩm với nồng độ gây ảnh hưởng tới sức khỏe con người. Một số chất kích thích tăng trưởng, chất cấm trong chăn nuôi cũng được sử dụng làm chất tạo nạc. Nhiễm bẩn kim loại nặng và các chất hữu cơ bền vững trong môi trường, trong đó có dioxin cũng được ghi nhận tại một số địa phương.

Về quản lý ATTP, dù có rất nhiều nguồn lực và hoạt động đảm bảo ATTP đã được phân cấp xuống tỉnh, huyện, xã, phường, tuy nhiên hiện vẫn còn tồn tại khoảng cách lớn giữa việc ban hành và thực thi pháp luật.