Trung tâm đầu tư hàng chục tỷ đồng cho hệ thống máy xét nghiệm vi sinh, máy AAS xác định kim loại nặng trong thực phẩm, máy HPLC xác định các chất phụ gia, chất cấm,... Mỗi năm, Trung tâm kiểm nghiệm khoảng 200 mẫu thực phẩm và 400 – 500 mẫu nước. Kết quả kiểm nghiệm là căn cứ kịp thời, chính xác nhất để đánh giá thực phẩm có đảm bảo an toàn hay không.

Các mẫu kiểm nghiệm không đạt tiêu chuẩn vệ sinh an toàn thực phẩm được thông báo ngay với chủ cơ sở hoặc gửi ngay cho cơ quan chức năng để có biện pháp xử lý và tiêu huỷ kịp thời, hạn chế ngộ độc thực phẩm và các dịch bệnh đường tiêu hoá nguy hiểm truyền qua thực phẩm.